Воспитательная работа в университете ведется в соответствии с утвержденной Концепцией воспитательной работы Белгородского ГАУ на 2016 – 2020 годы, которая является базой развития и совершенствования воспитательной работы в вузе.
Основные направления воспитания студентов университета присутствуют в образовательном процессе, во всех воспитательных и культурно-массовых мероприятиях, в студенческом самоуправлении, работе студенческих трудовых отрядов, в планах воспитательной работы на уровне факультетов, кафедр, академических групп. Вопросы о состоянии воспитательной и социальной работы постоянно заслушиваются на ученом совете университета, заседаниях ректората, советах факультетов, заседаниях кафедр.
Главный консультационный и совещательный орган по вопросам организации воспитательной деятельности в университете – Совет по воспитательной и социальной работе. На ежемесячных заседаниях Совета в течение года рассматриваются вопросы организационного и методического обеспечения; новые организационные формы и методы работы; контролируется распределение средств финансово-материального фонда; обобщается опыт работы; разрабатываются рекомендации по внедрению в воспитательный процесс новых направлений и технологий.
В феврале 2011 года в соответствии с решением Ученого совета университета создано управление по воспитательной и социальной работе, утверждена новая структурная схема организации воспитательной и социальной работы.